#NEXUS

[NEXUS FILE GENERATED BY WINCLADA (Copyright 2002 K.C. Nixon); THIS DOES NOT CONSTITUTE ENDORSEMENT OF THIS FORMAT, NOR GUARANTEE ACCURACY]

BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=10 NCHAR=1912;
FORMAT MISSING=? GAP=-  DATATYPE=DNA ;
OPTIONS  MSTAXA=POLYMORPH ;

CHARLABELS

;

STATELABELS

;

MATRIX

'Alligator_(American_alligator)'
--------------------------------------------attaagccatgcatgtctaagtacacacggccggtacagtgaaactgcgaatggctcattaaatcagttatggttcctttggtcgctccaac---cgttacttggataactgtggtaattcta-agctaatacatgccgacgagcgctgacctcc--------gggga-tgcgtgcatttatcagacc-aaaa--------------------ccaacccgggctc---------gcccggccgctttggtgactctagataacctcgggccgatcgcacgccccc-gtggcggcgacgacgcattcgaatgtctgccctatcaactttcgatggtactttctgtgcctaccatggtgaccacgggtaacggggaatcagggttcgattccggagagggagcctgagaaacggctaccacatccaaggaa-ggcagcaggc--gcgcaaattaccc----actcccgacccggggaggtagtgacgaaaaata-acaatacaggactctttcaaggccctgtaattggaatgagtacactttaaatcctttaacgaggatctattggagggcaagtctggtgccagcagccgcggtaattccagctccaatagcgtatattaaagttgctgcagttaaaaagctcgtagttggatcttgggatcgagctggcggtccgccgcgaggcgagctaccgcctgtcccagcccct---gcctctcggcgctcccttgatgctcttaactgagtgtcctg-ggggtccgaagcgtttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggct--ggtcgccggaatactccagctaggaataatggaataggactccggttctattttgttggtttt----cggaactggggccatgattaagagggacggccgggggcattcgtattgtgccgctagaggtgaaattcttggaccggcgcaagacgaaccaaagcgaaagcatttgccaagaatgttttcattaatcaagaacgaaagtcggaggttcgaagacgatcagataccgtcgtagttccgaccataaacgatgccgactagcgatccggcggcgttattcccatgacccgccgggcagcttccgggaaaccaaagtctttgggttccggggggagtatggttgcaaagctgaaac-ttaaaggaattgacggaagggcaccaccaggagtggagcctgcggcttaatttgactc-----aacacg--ggaaacctcacccggcccggacacggaaaggattgacagattgatagctctttctcgattctgtgggtgg--tggtgcatggc-cgttcttagttggtggagcgatttgtctgg-ttaattccgataacgaa---cgagactctgg-catgctaacta-gttatgcgacccccgagcggtcgg-cgtcc---aacttcttagagggacaagtggcgttcagccacc-cgagattgagcaataacaggtctgtgatgcccttagatgtccggggctgcacgcgcgctacactgactggctcagcgtgtgtctaccctacgccgacaggtgcgggtaacccgttgaaccccattcgtgatggggatcggggattgcaattattccccatgaacgaggaattccc--agtaagtgcgggtcataagctcgcgttgattaagtccctgccctttgtacacacc-gcccgtcgctactaccgattggatggtttagtgaggtcctcggatcggccccgccggggtcggtc-acggccctggcggagcgccgagaagacggtcgaacttgactatctagaggaagtaaa???????????????????????????????????????????????
'Ambystoma_(Mexican_salamander)'
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'Bos_(cow)'
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'Branchiostoma_(lancelet)'
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'Conus_(marine_snail)'
-------------------------------------------------------------taagttcacaccctcg-tatggtgaaaccgcgaatggctcattaaatcagtcgaggttccttagatgatccaaat-----ttacttggataactgtggtaattctagagctaatacatgccgaccagctccgaccccctc------ggggaaagagcgcttttattagttc-aaaa--------------------ccagtcgggttct---------gcccgtc--ctttggtgactctggataactttttgccgatcgcatggcccc-gagccggcgacgcatctttcaaatgtctgccctatcaaatgacgatggtacgtgatctgcctaccatgttggcaacgggtagcggggaatcagggttcgattccggagagggagcatgagaaacggctaccacatccaaggaa-ggcagcaggc--gcgcaacttaccc----actcctggcacggggaggtagtgacgaaaaata-acaatacggaactct???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
'Homo_(human)'
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'Lepidophyma_(night_lizard)'
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Monkey
--tacctggttgatcctgccagtag-catatgcttgtctcaaagattaagccatgcatgtctaagtacgcacggccggtacagtgaaactgcgaatggctcattaaatcagttatggttcctttggtcgctcgctcctctcctacttggataactgtggtaattctagagctaatacatgccgacgggcgctgacccccttcgcggggggga-tgcgtgcatttatcagatc-aaaaccaacccggtcagcccctccccggccccggccggggcgcgggcgccggcggctttggtgactctagataacctcgggccgatcgcacgccccccgtggcggcgacgacccattcgaacgtctgccctatcaactttcgatggtagtcgccgtgcctaccatggtgaccacgggtgacggggaatcagggttcgattccggagagggagcctgagaaacggctaccacatccaaggaaaggcagcaggc--gcgcaaattacccc---actcccgacccggggaggtagtgacgaaaaata-acaatacaggactctttcgaggccctgtaattggaatgagtccactttaaatcctttaacgaggatccattggagggcaagtctggtgccagcagccgcggtaattccagctccaatagcgtatattaaagttgctgcagttaaaaagctcgtagttggatcttgggagcgggcgggcggtccgccgcgaggcgagccaccgcccgttccccgcccctttgcctctcggcgccccctcgatgctcttagctgagtgtcccgcggggcccgaagcgtttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggcccgagccgcctggataccgcagctaggaataatggaataggaccgcggttctattttgttggtttt----cggaactgaggccatgattaagagggacggccgggggcattcgtattgcgccgctagaggtgaaattcttggaccggcgcaagacggaccagagcgaaagcatttgccaagaatgttttcattaatcaagaacgaaagtcggaggttcgaagacgatcagataccgtcgtagttccgaccataaacgatgccgactggcgatgcggcggcgttattcccatgacccgccgggcagcttccgggaaaccaaagtctttgggttccggggggagtatggttgcaaagctgaaac-ttaaaggaattgacggaagggcaccaccaggagtggagcctgcggcttaatttgactc-----aacacg--ggaaacctcacccggcccggacacggacaggattgacagattgatagctctttctcgattccgtgggtgg--tggtgcatggc-cgttcttagttggtggagcgatttgtctgg-ttaattccgataacgaa---cgagactctgg-catgctaacta-gttacgcgacccccgagcggtcgg-cgtcccccaacttcttagagggacaagtggcgttcagccacc-cgagattgagcaataacaggtctgtgatgcccttagatgtccggggctgcacgcgcgctacactgactggctcagcgtgtgcctaccctacgccggcaggcgcgggtaacccgttgaaccccattcgtgatggggatcggggattgcaattattccccatgaacgaggaattccc--agtaagtgcgggtcataagcttgcgttgattaagtccctgccctttgtacacacc-gcccgtcgctactaccgattggatggtttagtgaggccctcggatcggccccgccggggtcggcccacggccctggcggagcgctgagaagacggtcgaacttgactatctagaggaagtaaaagtcgtaacaaggtttccgtaggtgaacctgcggaaggatcatta??
'Oncorhynchus_(rainbow_trout)'
ggcttctggttgattctgccagtag-catatgcttgtctcaaagattaagccatgcaagtctaagtacacacggccggtacagtgaaactgcgaatggctcattaaatcagttatggttcctttgatcgctccaac----gttacttggataactgtggcaattctagagctaatacatgccaacgagcgctgacctcc--------gggga-tgcgtgcatttatcagatccaaaacccatgcggg----------ccaatctcggttg---------ccccggccgctttggtgactctagataacttcgagccgatcgcgcgccctttgtggnggggacgtctcattcgaatgtctgccctatcaactttcgatgggactt-ctgtggctaccatggggaccacgggtaacgggggatcagggttcgattccggagagggagcctgagaaacggctaccacatccaaggaa-ggcagcaggc--gcgcaaattaccc----actcccgactcggggaggtagtgacgaaaaata-acaatacaggactctttcgaggccctgtaattggaatgagtacactttaaatcctttaacgaggatccattggagggcaagtctggtgccagcagccgcggtaattccagctccaatagcgtatcttaaagttgctgcagttaaaaagctcgtagttggatctcgggatcgagctggcggtccgcggggagg-gagctaccgcctgtcccagcccct---gcctctcggcgccccctcgatgctctnaactgagtgtcccgcggggtccgaagcgtttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggccc-ggtcgcctgaataccgcagctaggaataatgggataggactccggttctattttgtgggtttttcttctgaactggggccatgattaagagggacggccgggggcattcgtattgtgccgctagaggtgaaattcttggaccggcgcaagacga--cgaaagcgaaacatttgccaagaatgttttcattaatcaagaacgaaagtcggaggttcgaagacgatcagataccgtcgtagttccgaccataaacgatgccaactagcgatccggcggcgttattcccatgacccgccgggcagcgtccgggaaaccaaagtctttgggttccggggggagtatggttgcaaagctgaaac-ttaaaggaattgacggaagggcaccaccaggantggagcctgcggcttaatttgactc-----aacacg--ggaaacctcacccggcccggacacggaaaggattgacagat-gatagctctttctcgattctgtgggtgg--tggtgcatggc-cgttcttagttggtggagcgatttgtctgg-ttaattccgataacgaa---cgaaactccgg-catgctaacta-gttatgcggccccg-agcggtcgg-cgtcc---aacttcttagagggacaagtggcgttcagccaca-cgagactgagcaataacaggtctgtgatgcccttagatgtccggggctgcacgcgcgccacactgagcggatcagcgtgtgtctacccttcgccgagaggcgtgggtaacccgatgaaccccactcgtgatagggattggggattgcaattatttcccatgaacgaggaattccc--agtaagcgcgggtcataagctcgcgttgattaagtccctgcccgtcgtacacacc-gcccgtcgctactaccgattggatggtttagtgaggtcctcggatcggccccgctgaggtcggtc-acggccctggcggagcgccgagaagacgatcaaacttgactatctagaggaagtaaaagtcgtaacaaggtttccgtaggtgaacctgcggaaggatcattaac
'Struthio_(ostrich)'
--------------------------------------------attaagccatgcatgtctaagtacacacgggtggtacagtgaaactgcgaatggctcattaaatcagttatggttcctttggtcgctcccctccc-gttacttggataactgtggtaattctagagctaatacatgccgacgagcgccgacctcc--------gggga-cgcgtgcatttatcagacc-aaaa--------------------ccaacccgggctc---------gcccggcggctttggtgactctagataacctcgagccgatcgcacgccccc-gtggcggcgacgacccattcgaatgtctgccctatcaactttcgatggtactgtctgtgcctaccatggtgaccacgggtaacggggaatcagggttcgattccggagagggagcctgagaaacggctaccacatccaaggaa-ggcagcaggc--gcgcaaattaccc----actcccgacccggggaggtagtgacgaaaaata-acaatacaggactctttcgaggccctgtaattggaatgagtacactttaaatcctttaacgaggatccattggagggcaagtctggtgccagcagccgcggtaattccagctccaatagcgtatattaaagttgctgcagttaaaaagctcgtagttggatcttgggatcgagctggcggtccgccgcgaggcgagctaccgcctgtcccagcccct---gtctctcggcgccccctcgatgctcttaactgagtgtcccgcggggcccgaagcgtttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggct--ggccgccggaatactccagctaggaataatggaataggactccggttctattttgttggtttt----cggaaacggggccatgattaagagggacggccgggggcattcgtattgtgccgctagaggtgaaattcttggaccggcgcaagacgaactaaagcgaaagcatttgccaagaatgttttcattaatcaagaacgaaagtcggaggttcgaagacgatcagataccgtcgtagttccgaccataaacgatgccgactcgcgatccggcggcgttattcccatgacccgccgggcagctcccgggaaacccaagtctttgggttccggggggagtatggttgcaaagctgaaac-ttaaaggaattgacggaagggcaccaccaggagtggagcctgcggcttaatttgactc-----aacacg--ggaaacctcacccggcccggacacggacaggattgacagattgagagctctttctcgattccgtgggtgg--tggtgcatggc-cgttcttagttggtggagcgatttgtctgg-ttaattccgataacgaa---cgagactctgg-catgctaacta-gttacgcgacccccgagcggtcgg-cgtcc---aacttcttagagggacaagtggcgttcagccacc-cgagattgagcaataacaggtctgtgatgcccttagatgtccggggctgcacgcgcgctacactgactggctcagcttgtgtctaccctacgccggcaggcgcgggtaacccgttgaaccccattcgtgatggggatcggggattgcaattattccccatgaacgaggaattccc--agtaagtgcgggtcataagctcgcgttgattaagtccctgccctttgtacacacc-gcccgtcgctactaccgattggatggtttagtgaggtcctcggatcggccccggcggggtcggcc-acggccctgccggagcgtcgagaagacggtcgaacttgactatctagaggaagtaaa???????????????????????????????????????????????
;
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BEGIN ASSUMPTIONS;

	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;

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